По материалам госархива официально Чилинскую деревню основали пушкари Федор Чернов и Григорий Жуков. Оно приютилась в стороне от знаменитой реки Обь, между крупными заболоченными лесными массивами, называемыми «Симанский бор» и Чилинское урочище, в стороне от речки Кинда, на берегу мокрого лога, впадающего в Симанское болото. Сообщение осуществлялось по грунтовым дорогам с селами Базой и Батурино с деревнями Летяжье и Ерестной. Колыванский тракт проходил через Чилино.
Наличие пахотных, сенокосных и пастбищных угодий выгодно располагало к быстрому росту населения: деревня разрослась до размеров, когда стало возможным строительство «Преображенской» церкви, которая и была построена в 1850–1860 годах в центре Чилинской деревни. Это было крупным событием не только для жителей Чилино, но и для ближних деревень в округе. После чего деревня Чилино стала называться селом.
Сельские Советы рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов были образованы в 1920 году в соответствии с Конституцией РСФСР от 1918 года. В 1936 году с принятием Конституции СССР переименованы в сельские Советы депутатов трудящихся. По Конституции СССР 1977 года переименованы в сельские Советы народных депутатов. С января 1992 года упразднены исполкомы и образованы администрации, с октября 1993 года переименованы в сельские администрации, с сентября 1998 года — сельские округа и администрации.
Батуринский сельский Совет преобразован в Батуринскую сельскую администрацию, которая была 01.04.1999 года объединена с Базойской сельской администрацией, и был образован Базойский сельский округ с селами Базой и Батурино.
Базойская сельская администрация была упразднена 01.01.2006 года и образовано Чилинское сельское поселение в состав, которого вошли села Базой, Батурино, Чилино, Ерестная.
Село Чилино, является центральной усадьбой поселения. Расположено оно в 57 км от райцентра с. Кожевниково. Земли Чилинского сельского поселения самые южные не только Кожевниковского района, но и все Томской области. Граничат они с Новосибирской областью. Общая площадь – 643,59 га, в том числе земли сельхоз назначения – 254,01 га, пашня – 236,0 га.
